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Selon leur situation à l’intérieur des terres ou en bordure maritime, les marais peuvent être continentaux ou littoraux. Les marais continentaux constituent souvent la frange ou les reliques de lacs et sont appelés à disparaître par un long processus de comblement naturel. Ils peuvent également être convertis à l’agriculture après drainage.
Les marais continentaux constituent un ensemble de milieux d’eau douce très variés et sont caractérisés par leur grande richesse biologique. Ils tiennent donc un rôle majeur dans le maintien des équilibres naturels et de la biodiversité. Quelques sites remarquables ont été recensés en Poitou-Charentes malgré une régression progressive de ces espaces qui tendent à disparaître par drainage au profit des terres agricoles.
Le lit majeur de la Charente et celui de la Seugne, comprennent des marais inondables par les crues fluviales jusqu’à hauteur de Saint Savinien ; plus en aval, les marais (4 200 ha) sont protégés par des digues qui ont été franchies lors de la tempête de 1999.
La Boutonne, affluent rive droite de la Charente comprend de nombreux marais dont certains tourbeux ; ils totalisent environ 3 500 ha. L’Arnoult, dernier affluent rive gauche comprend des marais utilisés pour le maraîchage (environ 1 760 ha de marais). Ces marais comprennent plusieurs sites remarquables dont les marais périurbains de Rochefort, des roselières, des prairies naturelles propices au frai du Brochet.
La gestion de l’eau y est assurée par plusieurs syndicats de marais : l’Institution Interdépartementale du fleuve Charente coordonne une action en faveur des poissons migrateurs et une autre autour de la gestion des étiages et des inondations.